| 1位 | 愛媛FC |
| 2位 | 鹿児島ユナイテッドFC |
| 3位 | カターレ富山 |
| 4位 | FC今治 |
| 5位 | 奈良クラブ |
| 6位 | ガイナーレ鳥取 |
| 7位 | ヴァンラーレ八戸 |
| 8位 | FC岐阜 |
| 9位 | 松本山雅FC |
| 10位 | いわてグルージャ盛岡 |
| 11位 | FC大阪 |
| 12位 | YSCC横浜 |
| 13位 | アスルクラロ沼津 |
| 14位 | AC長野パルセイロ |
| 15位 | 福島ユナイテッドFC |
| 16位 | カマタマーレ讃岐 |
| 17位 | FC琉球 |
| 18位 | SC相模原 |
| 19位 | テゲバジャーロ宮崎 |
| 20位 | ギラヴァンツ北九州 |
1位と2位はJ2へ昇格。
19位と20位はJFL入れ替え戦出場枠だが、JFLの結果によりJ3残留。
2024年のJ3は、2023年の3位以下の18チームと、J2から降格の大宮アルディージャとツエーゲン金沢の20チームで行われます。